История Спасо-Влахернского женского монастыря насчитывает полтора столетия и берет своё начало с деденевского имения дворян Головиных и принадлежащих их роду святынь, в числе которых была чудотворная икона Божией Матери «Влахернская»

Датой основания храма считается 1861 год, когда было принято решение переименовать общежитие монашествующих девиц в монастырь. Место для храма было предопределено ещё в XVII веке, когда на его месте располагалась деревянная церковь в честь Спаса Нерукотворного.

Как и многие храмы в советское время, он пережил закрытие и изъятие церковного имущества, а здание служило, как сельхозартель. Однако до наших дней чудом уцелели две святыни, которые тайно были перенесены в другие церкви, а одна из святынь и вовсе оказалась в Дмитровском музее.
Полностью церковь была разрушена во время Великой Отечественной войны фашистским авиаударом.

В наши дни храм полностью восстановлен и является объектом культурного наследия, а иконы вновь вернулись на стены родной обители.